Otimiza os recursos técnicos e humanos utilizados para além de os direcionar para as atividades críticas;

Facilita ações de autocontrolo mais eficientes, sobretudo com menos probabilidade de ocorrência de falhas/ acidentes e de fraudes;

Estabelece um clima de confiança perante as autoridades oficiais, agentes económicos e o consumidor em geral em termos de segurança dos alimentos;

Motiva a formação do pessoal;

Proporciona uma visão ampla e objetiva do que efetivamente se passa na empresa;

Permite reduzir os custos da não qualidade visto ser baseado numa filosofia preventiva de redução de custos e desperdícios;

É recomendado pela Organização Mundial de Saúde (OMS), Comissão Internacional de Especificações Microbiológicas dos Alimentos (ICMSF) e Organização das Nações Unidas para a Agricultura (FAO);

Pode ser usado como prova de defesa contra ações legais;

É um complemento de outros sistemas de gestão, nomeadamente o sistema de gestão da qualidade;

É um sistema aplicável a toda a cadeia alimentar;

Pode ser usado para introduzir o aspeto da segurança alimentar no desenvolvimento de novos produtos;

É um sistema reconhecido e considerado eficaz internacionalmente;

Promove a mudança de políticas e da prática da empresa de um controlo de qualidade retrospectivo para uma garantia de qualidade preventiva.